Linux重裝系統時，是否會刪除所有文件取決于用戶的操作和選擇。一般來說，重裝系統會格式化系統的安裝目錄，并重新安裝操作系統，這意味著所有的系統文件和用戶文件都會被刪除。但是，如果用戶選擇進行分區操作并在新的分區上安裝系統，其它未被新系統使用的分區上的文件可能會保留。

重裝系統時，最好先備份所有重要的文件和數據。這樣，即使系統文件被刪除，用戶也可以通過將備份文件復制回新系統來恢復這些文件。

值得一提的是，應該特別注意重裝系統操作時的分區選擇。如果選擇對存在用戶文件的分區進行格式化，那么所有的文件都將被刪除。因此，在進行重裝操作時，操作者必須非常小心并了解自己的操作意圖。

如果用戶只是想修復系統問題而不希望丟失文件，那么可以嘗試使用系統恢復功能，如修復啟動選項或運行文件系統檢查工具。這些工具可以修復系統文件而不會刪除用戶文件。

使用Linux重裝系統時應特別注意的一點是，確保固定存儲介質與安裝介質相分離。這意味著安裝媒介應該不同于操作中的數據存儲介質，以免在安裝過程中意外刪除了用戶文件。盡可能使用外部存儲設備（如USB閃存驅動器）來存儲安裝鏡像，并將其從計算機中斷開連接。

總結起來，重裝Linux操作系統時有可能會刪除所有文件，但是否刪除取決于用戶的選擇和操作。為了防止文件丟失，用戶應備份所有重要的文件和數據，并在操作過程中小心操作、謹慎選擇分區和遵循最佳實踐。