制藥和生物科技企業(yè)現(xiàn)在可以通過 Amazon SageMaker 和 AWS ParallelCluster 訪問包括 NVIDIA BioNeMo 在內(nèi)的 NVIDIA Clara 醫(yī)療套件。該套件即將在亞馬遜云科技(AWS)上的 NVIDIA DGX 云上提供。
制藥和科技生物頭部企業(yè)的研究與開發(fā)人員現(xiàn)在可以通過亞馬遜云科技( Amazon Web Services,AWS)輕松部署 NVIDIA Clara 軟件和服務(wù),以加快醫(yī)療研究進程。
這項計劃于太平洋時間 11 月 28 日在亞馬遜云科技 re:Invent 上公布,讓使用 AWS 云資源的醫(yī)療和生命科學開發(fā)人員能夠靈活地集成 NVIDIA 加速的產(chǎn)品,比如用于藥物發(fā)現(xiàn)的生成式 AI 平臺 NVIDIA BioNeMo 等。該平臺即將登陸亞馬遜云科技上的 NVIDIA DGX 云,目前可通過高性能計算集群管理工具 AWS ParallelCluster 及 Amazon SageMaker 機器學習服務(wù)使用。
全球數(shù)千家醫(yī)療和生命科學企業(yè)已采用 AWS。現(xiàn)在,他們將能夠訪問 NVIDIA BioNeMo,使用專有數(shù)據(jù)構(gòu)建或自定義數(shù)字生物學基礎(chǔ)模型,并通過運行在 AWS 上 的 NVIDIA GPU 加速的云服務(wù)器提升模型訓練和部署規(guī)模。
許多 AWS 用戶已采用 BioNeMo 來開展由生成式 AI 加速的藥物研發(fā),包括 Alchemab Therapeutics、Basecamp Research、Character Biosciences、Evozyne、Etcembly 和 LabGenius 等生物科技創(chuàng)新企業(yè)。此次合作為他們提供了更多快速擴展云計算資源的方式,以開發(fā)基于生物分子數(shù)據(jù)訓練而成的生成式 AI 模型。
此次宣布的計劃擴展了 NVIDIA 目前在 AWS 上提供的醫(yī)療產(chǎn)品——用于醫(yī)學影像工作流的 NVIDIA MONAI 和用于加速基因組學的 NVIDIA Parabricks。
AWS 的新成員:NVIDIA BioNeMo
助力用于藥物研發(fā)的生成式 AI 發(fā)展
BioNeMo 是一個適用于特定領(lǐng)域的數(shù)字生物學生成式 AI 框架。該框架包含預(yù)訓練的大語言模型(LLM)、數(shù)據(jù)加載器以及優(yōu)化的訓練方案,通過加快目標識別、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和候選藥物篩選,能夠助推計算機輔助藥物研發(fā)的發(fā)展。
借助 BioNeMo,藥物發(fā)現(xiàn)團隊可以使用其專有數(shù)據(jù)來建立或優(yōu)化模型,并在云端高性能計算集群上運行這些模型。
其中,ESM-2 模型(一個支持蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的強大 LLM)在 256 顆 NVIDIA Tensor Core GPU 上實現(xiàn)了近似線性的擴展。研究人員可以擴展到 512 顆 NVIDIA GPU 并在幾天之內(nèi)完成訓練,而不是一個月,后者是最初的論文中公布的訓練用時。
開發(fā)人員能夠使用 6.5 億或 30 億參數(shù)的檢查點大規(guī)模訓練 ESM-2。此外,BioNeMo 訓練框架支持的 AI 模型還包括小分子生成模型 MegaMolBART 和蛋白質(zhì)序列生成模型 ProT5。
BioNeMo 的預(yù)訓練模型和優(yōu)化的訓練方案(可通過 AWS ParallelCluster 和 Amazon ECS 等自管理服務(wù)以及 NVIDIA DGX 云和 Amazon SageMaker 提供的集成管理服務(wù)獲得)能夠幫助研發(fā)團隊建立基礎(chǔ)模型,從而探索更多候選藥物、優(yōu)化濕實驗室實驗,并更快找到有前景的臨床候選藥物。
用于醫(yī)學影像和基因組學的
NVIDIA Clara 登陸 AWS
由 NVIDIA 參與創(chuàng)立并提供企業(yè)級支持的 MONAI 項目旨在為醫(yī)學影像工作流提供支持,其下載量已超過 180 萬次,并可在 AWS 上部署。開發(fā)人員可以使用存儲在 AWS 云資源上的專有醫(yī)療數(shù)據(jù)集來快速注釋和構(gòu)建醫(yī)學影像 AI 模型。
這些模型通過在 NVIDIA GPU 驅(qū)動的亞馬遜 EC2 實例上進行訓練,可用于交互式注釋和微調(diào)以完成分割、分類、配準和檢測等醫(yī)學影像任務(wù)。開發(fā)人員還可以利用 MONAI 提供的 MRI 影像來合成模型增強訓練數(shù)據(jù)集。
為加快整個基因組學管道,Parabricks 可以在 15 分鐘左右的時間內(nèi)完成整個人類基因組的變異檢測,而僅使用 CPU 系統(tǒng)完成這項工作則需要一天的時間。在亞馬遜云科技上,開發(fā)人員可以快速擴展,以實現(xiàn)在多個 GPU 節(jié)點上處理大量基因組數(shù)據(jù)。
AWS HealthOmics 上已經(jīng)有十多個 Parabricks 工作流可作為 Ready2Run 工作流使用,使客戶能夠輕松運行預(yù)構(gòu)建的管道。
即刻使用 NVIDIA Clara on AWS(https://aws.amazon.com/nvidia/hcls/)來加速用于藥物研發(fā)、基因組學和醫(yī)學影像的 AI 工作流。
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原文標題:NVIDIA BioNeMo 在亞馬遜云科技上線,實現(xiàn)用于藥物研發(fā)的生成式 AI
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