GPU 和 TPU 可以從根本上縮短執(zhí)行單個(gè)訓(xùn)練步驟所需的時(shí)間。欲將性能提高到極致,則需要有一個(gè)高效的輸入管道,能夠在當(dāng)前步驟完成之前為下一步提供數(shù)據(jù)。tf.data API 有助于構(gòu)建靈活高效的輸入管道。本文介紹了 tf.data API 的功能和最佳實(shí)踐操作,用于在各種模型和加速器上構(gòu)建高性能 TensorFlow 輸入管道。
本文將主要介紹下列內(nèi)容:
說明 TensorFlow 輸入管道本質(zhì)上是一個(gè)ETL過程
描述 tf.dataAPI 上下文中的常見性能優(yōu)化
討論應(yīng)用轉(zhuǎn)換順序的性能影響
總結(jié)設(shè)計(jì)高性能 TensorFlow 輸入管道的最佳實(shí)踐操作。
輸入數(shù)據(jù)管道的結(jié)構(gòu)
一個(gè)典型的 TensorFlow 訓(xùn)練輸入管道可以構(gòu)建為 ETL 過程:
提取:從持久存儲(chǔ)中讀取數(shù)據(jù) - 本地(例如 HDD 或 SSD)或遠(yuǎn)程(例如 GCS 或 HDFS)
轉(zhuǎn)換:使用 CPU 內(nèi)核對數(shù)據(jù)進(jìn)行解析和執(zhí)行預(yù)處理操作,例如圖像解壓縮,數(shù)據(jù)擴(kuò)充轉(zhuǎn)換(例如隨機(jī)裁剪,翻轉(zhuǎn)和顏色失真),隨機(jī)洗牌和批處理
加載:將變換后的數(shù)據(jù)加載到執(zhí)行機(jī)器學(xué)習(xí)模型的加速器設(shè)備(例如,GPU 或 TPU)上。
這種模式有效地利用了 CPU,與此同時(shí)為了模型訓(xùn)練這種繁重的工作,還保留了加速器。此外,將輸入管道視為 ETL 過程提供了便于性能優(yōu)化應(yīng)用的結(jié)構(gòu)。
使用 tf.estimator.EstimatorAPI 時(shí),前兩個(gè)階段(提取和轉(zhuǎn)換)將在傳遞給 tf.estimator.Estimator 的 input_fn 中捕獲。在代碼中,這可能會(huì)看起來像以下(naive, sequential)執(zhí)行情況:
defparse_fn(example): "Parse TFExample records and perform simple data augmentation." example_fmt = { "image": tf.FixedLengthFeature((), tf.string, ""), "label": tf.FixedLengthFeature((), tf.int64, -1) } parsed = tf.parse_single_example(example, example_fmt) image = tf.image.decode_image(parsed["image"]) image = _augment_helper(image) # augments image using slice, reshape, resize_bilinear returnimage, parsed["label"]definput_fn(): files = tf.data.Dataset.list_files("/path/to/dataset/train-*.tfrecord") dataset = files.interleave(tf.data.TFRecordDataset) dataset = dataset.shuffle(buffer_size=FLAGS.shuffle_buffer_size) dataset = dataset.map(map_func=parse_fn) dataset = dataset.batch(batch_size=FLAGS.batch_size) returndataset
下一部分將基于此輸入管道構(gòu)建,添加性能優(yōu)化。
性能優(yōu)化
首先,我們定義要使用的模型種類。主智能體會(huì)擁有全局網(wǎng)絡(luò),且每個(gè)本地工作器智能體在自己的進(jìn)程中都會(huì)擁有此網(wǎng)絡(luò)的副本。我們會(huì)使用模型子類化對模型進(jìn)行實(shí)例化。雖然模型子類化會(huì)使進(jìn)程更冗長,但卻為我們提供了最大的靈活性。
正如您從我們的正向傳遞中看到的,我們的模型會(huì)采用輸入和返回策略概率的分對數(shù)和值。
隨著新的計(jì)算設(shè)備(諸如 GPU 和 TPU)不斷問世,訓(xùn)練神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的速度變得越來越快,這種情況下 CPU 處理很容易成為瓶頸。tf.dataAPI 為用戶提供構(gòu)建塊,以設(shè)計(jì)有效利用 CPU 的輸入管道,優(yōu)化 ETL 過程的每個(gè)步驟。
Pipelining
要執(zhí)行訓(xùn)練步驟,您必須首先提取并轉(zhuǎn)換訓(xùn)練數(shù)據(jù),然后將其提供給在加速器上運(yùn)行的模型。然而,在一個(gè)簡單的同步執(zhí)行中,當(dāng) CPU 正在準(zhǔn)備數(shù)據(jù)時(shí),加速器則處于空閑狀態(tài)。相反,當(dāng)加速器正在訓(xùn)練模型時(shí),CPU 則處于空閑狀態(tài)。因此,訓(xùn)練步驟時(shí)間是 CPU 預(yù)處理時(shí)間和加速器訓(xùn)練時(shí)間的總和。
Pipelining 將一個(gè)訓(xùn)練步驟的預(yù)處理和模型執(zhí)行重疊。當(dāng)加速器正在執(zhí)行訓(xùn)練步驟 N 時(shí),CPU 正在準(zhǔn)備步驟 N + 1 的數(shù)據(jù)。這樣做的目的是可以將步驟時(shí)間縮短到極致,包含訓(xùn)練以及提取和轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)所需時(shí)間(而不是總和)。
如果沒有使用 pipelining,則 CPU 和 GPU / TPU 在大部分時(shí)間處于閑置狀態(tài):
而使用 pipelining 技術(shù)后,空閑時(shí)間顯著減少:
tf.dataAPI 通過 tf.data.Dataset.prefetch 轉(zhuǎn)換提供了一個(gè)軟件 pipelining 操作機(jī)制,該轉(zhuǎn)換可用于將數(shù)據(jù)生成的時(shí)間與所消耗時(shí)間分離。特別是,轉(zhuǎn)換使用后臺線程和內(nèi)部緩沖區(qū),以便在請求輸入數(shù)據(jù)集之前從輸入數(shù)據(jù)集中預(yù)提取元素。因此,為了實(shí)現(xiàn)上面說明的 pipelining 效果,您可以將 prefetch(1) 添加為數(shù)據(jù)集管道的最終轉(zhuǎn)換(如果單個(gè)訓(xùn)練步驟消耗 n 個(gè)元素,則添加 prefetch(n))。
要將此更改應(yīng)用于我們的運(yùn)行示例,請將:
dataset = dataset.batch(batch_size=FLAGS.batch_size)returndataset
更改為:
dataset = dataset.batch(batch_size=FLAGS.batch_size)dataset = dataset.prefetch(buffer_size=FLAGS.prefetch_buffer_size)returndataset
請注意,在任何時(shí)候只要有機(jī)會(huì)將 “制造者” 的工作與 “消費(fèi)者” 的工作重疊,預(yù)取轉(zhuǎn)換就會(huì)產(chǎn)生效益。前面的建議只是最常見的應(yīng)用程序。
將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換并行化
準(zhǔn)備批處理時(shí),可能需要預(yù)處理輸入元素。為此,tf.dataAPI 提供了 tf.data.Dataset.map 轉(zhuǎn)換,它將用戶定義的函數(shù)(例如,運(yùn)行示例中的 parse_fn)應(yīng)用于輸入數(shù)據(jù)集的每個(gè)元素。由于輸入元素彼此獨(dú)立,因此可以跨多個(gè) CPU 內(nèi)核并行化預(yù)處理。為了實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn),map 轉(zhuǎn)換提供了 thenum_parallel_calls 參數(shù)來指定并行度。例如,下圖說明了將 num_parallel_calls = 2 設(shè)置為 map 轉(zhuǎn)換的效果:
為 num_parallel_calls 參數(shù)選擇最佳值取決于您的硬件,訓(xùn)練數(shù)據(jù)的特征(例如其大小和形狀),Map 功能的成本以及在 CPU 上同時(shí)進(jìn)行的其他處理;一個(gè)簡單的啟發(fā)式方法是使用可用的 CPU 內(nèi)核數(shù)。例如,如果執(zhí)行上述示例的機(jī)器有 4 個(gè)內(nèi)核,則設(shè)置 num_parallel_calls = 4 會(huì)更有效。另一方面,將 num_parallel_calls 設(shè)置為遠(yuǎn)大于可用 CPU 數(shù)量的值可能會(huì)導(dǎo)致調(diào)度效率低下,從而導(dǎo)致速度減慢。
要將此更改應(yīng)用于我們的運(yùn)行示例,請將:
dataset = dataset.map(map_func=parse_fn)
變更為:
dataset = dataset.map(map_func=parse_fn, num_parallel_calls=FLAGS.num_parallel_calls)
此外,如果您的批處理大小為數(shù)百或數(shù)千,您的 pipeline 可能還可以通過并行化批處理創(chuàng)建而從中獲益。為此,tf.dataAPI 提供了 tf.contrib.data.map_and_batch 轉(zhuǎn)換,它有效地 “融合” 了 map 和批處理的轉(zhuǎn)換。
要將此更改應(yīng)用于我們的運(yùn)行示例,請將:
dataset = dataset.map(map_func=parse_fn, num_parallel_calls=FLAGS.num_parallel_calls)dataset = dataset.batch(batch_size=FLAGS.batch_size)
更改為:
dataset = dataset.apply(tf.contrib.data.map_and_batch( map_func=parse_fn, batch_size=FLAGS.batch_size))
將數(shù)據(jù)提取并行化
在實(shí)際環(huán)境中,輸入數(shù)據(jù)可能被遠(yuǎn)程存儲(chǔ)(例如,GCS 或 HDFS),因?yàn)檩斎霐?shù)據(jù)不適合本地,或者因?yàn)橛?xùn)練是分布式的,因此在每臺機(jī)器上復(fù)制輸入數(shù)據(jù)是沒有意義的。在本地讀取數(shù)據(jù)時(shí)運(yùn)行良好的數(shù)據(jù)集管道在遠(yuǎn)程讀取數(shù)據(jù)時(shí)可能會(huì)成為 I / O 的瓶頸,因?yàn)楸镜卮鎯?chǔ)和遠(yuǎn)程存儲(chǔ)之間存在以下差異:
首字節(jié)時(shí)間:從遠(yuǎn)程存儲(chǔ)中讀取文件的第一個(gè)字節(jié)可能比本地存儲(chǔ)長幾個(gè)數(shù)量級
讀取吞吐量:雖然遠(yuǎn)程存儲(chǔ)通常提供較大的聚合帶寬,但讀取單個(gè)文件可能只能使用此帶寬的一小部分。
另外,一旦將原始字節(jié)讀入存儲(chǔ)器,也可能需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行反序列化或解密(例如,protobuf),這就增加了額外的系統(tǒng)開銷。無論數(shù)據(jù)是本地存儲(chǔ)還是遠(yuǎn)程存儲(chǔ),都存在這種開銷,如果數(shù)據(jù)未被有效預(yù)取,則在遠(yuǎn)程情況下情況可能更糟。
為了減輕各種數(shù)據(jù)提取開銷的影響,tf.dataAPI 提供了 tf.contrib.data.parallel_interleave 轉(zhuǎn)換。使用此轉(zhuǎn)換可以將其他數(shù)據(jù)集(例如數(shù)據(jù)文件讀取器)的內(nèi)容執(zhí)行和交錯(cuò)并行化。可以通過 cycle_length 參數(shù)指定要重疊的數(shù)據(jù)集的數(shù)量。
為 parallel_interleavetransformation 提供 cycle_length = 2 的效果如下圖所示:
要將此更改應(yīng)用于我們的運(yùn)行示例,請將:
dataset = files.interleave(tf.data.TFRecordDataset)
更改為:
dataset = files.apply(tf.contrib.data.parallel_interleave( tf.data.TFRecordDataset, cycle_length=FLAGS.num_parallel_readers))
由于負(fù)載或網(wǎng)絡(luò)事件,遠(yuǎn)程存儲(chǔ)系統(tǒng)的吞吐量可能會(huì)隨時(shí)間而變化。為了解釋這種差異,parallel_interleave 轉(zhuǎn)換可以選擇使用預(yù)取。(請參考 tf.contrib.data.parallel_interleave 了解詳情 https://tensorflow.google.cn/api_docs/python/tf/contrib/data/parallel_interleave?hl=zh-CN)。
默認(rèn)情況下,parallel_interleave 轉(zhuǎn)換提供了元素的確定性排序使之重現(xiàn)。作為預(yù)取的替代方法(在某些情況下可能無效),parallel_interleave 轉(zhuǎn)換還提供了一個(gè)選項(xiàng),能夠以保證排序作為代價(jià)來提高性能。尤其是如果 sloppy 參數(shù)設(shè)置為 true,則轉(zhuǎn)換可能會(huì)偏離其確定的排序,在請求下一元素時(shí)那些不可用文件將會(huì)暫時(shí)跳過。
性能注意事項(xiàng)
tf.dataAPI 圍繞可組合轉(zhuǎn)換而設(shè)計(jì),為用戶提供了靈活性。雖然這些轉(zhuǎn)換中的許多都是可交換的,但某些轉(zhuǎn)換的排序具有性能上的影響。
Map 和 batch
調(diào)用傳遞給 map 轉(zhuǎn)換的用戶定義函數(shù)會(huì)帶來與調(diào)度和執(zhí)行用戶定義函數(shù)相關(guān)的系統(tǒng)開銷。通常,與函數(shù)執(zhí)行的計(jì)算量相比,這種系統(tǒng)開銷很小。但是,如果 map 幾乎沒有使用,那么這種開銷可能會(huì)占據(jù)總成本的大多數(shù)。在這種情況下,我們建議對用戶定義的函數(shù)進(jìn)行矢量化(即,讓它一次對一批輸入進(jìn)行操作),并在 map 轉(zhuǎn)換之前應(yīng)用 batch 轉(zhuǎn)換。
Map 和 cache
tf.data.Dataset.cache 轉(zhuǎn)換可以在內(nèi)存或本地存儲(chǔ)中緩存數(shù)據(jù)集。如果傳遞給 map 轉(zhuǎn)換的用戶定義函數(shù)非常高,只要結(jié)果數(shù)據(jù)集仍然適合內(nèi)存或本地存儲(chǔ),就可以在 map 轉(zhuǎn)換后應(yīng)用緩存轉(zhuǎn)換。如果用戶定義的函數(shù)增加了存儲(chǔ)數(shù)據(jù)集所需的空間超出緩存容量,請考慮在訓(xùn)練作業(yè)之前預(yù)處理數(shù)據(jù)以減少資源使用。
Map 和Interleave / Prefetch / Shuffle
許多轉(zhuǎn)換(包括 Interleave,prefetch 和 shuffle)會(huì)保留元素的內(nèi)部緩沖區(qū)。如果傳遞給 map 變換的用戶定義函數(shù)改變了元素的大小,那么 map 變換的順序和緩沖元素的變換會(huì)影響內(nèi)存使用。通常來說,除非由于性能需要不同的排序(例如,啟用 map 和 batch 轉(zhuǎn)換的融合)的情況,否則我們建議選擇帶來較低內(nèi)存占用的順序。
Repeat 和 Shuffle
tf.data.Dataset.repeat 轉(zhuǎn)換以有限(或無限)次數(shù)重復(fù)輸入數(shù)據(jù); 每次數(shù)據(jù)重復(fù)通常稱為 epoch。
tf.data.Dataset.shuffle 轉(zhuǎn)換隨機(jī)化數(shù)據(jù)集示例的順序。
如果在 shuffle 變換之前應(yīng)用 repeat 變換,則 epoch 的邊界模糊。也就是說,某些元素可以在其他元素出現(xiàn)之前重復(fù)一次。另一方面,如果在 repeat 變換之前應(yīng)用 shuffle 變換,則性能可能在與 shuffle 轉(zhuǎn)換的內(nèi)部狀態(tài)的初始化相關(guān)的每個(gè) epoch 時(shí)期的開始時(shí)減慢。換句話說,前者(repeat before shuffle)提供更好的性能,而后者(shuffle before repeat)提供更強(qiáng)的排序保證。
如果可能,我們推薦使用融合的 tf.contrib.data.shuffle_and_repeat 轉(zhuǎn)換,它結(jié)合了兩方面的優(yōu)點(diǎn)(良好的性能和強(qiáng)大的排序保證)。否則,我們建議在 repeating 之前進(jìn)行 shuffling。
最佳的實(shí)踐操作摘要
以下是設(shè)計(jì)輸入管道的最佳實(shí)踐操作摘要:
使用 prefetch 轉(zhuǎn)換重疊 “制造者” 和 “消費(fèi)者” 的工作。特別是,我們建議將 prefetch(n)(其中 n 是訓(xùn)練步驟消耗的元素 / 批次數(shù))添加到輸入管道的末尾,以便在 CPU 上執(zhí)行的轉(zhuǎn)換與加速器上的訓(xùn)練重疊
通過設(shè)置 num_parallel_calls 參數(shù)來并行化 map 轉(zhuǎn)換。我們建議使用可用 CPU 內(nèi)核數(shù)作為其參數(shù)值
如果使用 batch 轉(zhuǎn)換將預(yù)處理元素組合成批處理,我們建議使用融合的 map_and_batch 轉(zhuǎn)換,特別是在您使用大型批處理的情況下
如果您正在處理遠(yuǎn)程存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)和 / 或需要反序列化,我們建議使用 parallel_interleave 轉(zhuǎn)換來重疊來自不同文件的數(shù)據(jù)的讀取(和反序列化)
向傳遞到 map 轉(zhuǎn)換的廉價(jià)用戶定義函數(shù)進(jìn)行向量化,以分?jǐn)偱c調(diào)度和執(zhí)行函數(shù)相關(guān)的系統(tǒng)開銷
如果您的數(shù)據(jù)可以存儲(chǔ)于內(nèi)存中,請使用 cache 轉(zhuǎn)換在第一個(gè) epoch 期間將其緩存在內(nèi)存中,以便后續(xù) epoch 期間避免發(fā)生與讀取,解析和轉(zhuǎn)換相關(guān)的系統(tǒng)開銷
如果預(yù)處理增加了數(shù)據(jù)的大小,我們建議您首先應(yīng)用 interleave,prefetch 和 shuffle(如果可能的話)以減少內(nèi)存使用量
我們建議在 repeat 轉(zhuǎn)換之前應(yīng)用 shuffle 轉(zhuǎn)換,理想情況下使用融合的 shuffle_and_repeat 轉(zhuǎn)換。
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加速器
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神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
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管道
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原文標(biāo)題:tf.data API,構(gòu)建高性能 TensorFlow 輸入管道
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