資料介紹
AMBER是一款主流的分子動力學模擬軟件,用于研究分子體系內的微觀運動狀態。為利用神威太湖之光的海量計算資源加速 AMBER軟件模擬分子體系的運動過程,將 AMBER軟件移植到SW26010處理器的主核上建立主從加速模型,實現 AMBER軟件的從核并行化設計。在從核并行化的基礎上提出主從異步流水化方案,利用Sw26ol0處理器從核的局部數據緩存和直接內存存取通道技術,解決從核訪存速度過低及并行訪存帶寬受限的問題,并通過SIMD指令將部分從核代碼向量化,進一步提升 AMBER軟件在神威太湖之光平臺上的計算性能。測試結果表明, AMBER熱點函數的計算性能較優化前約提升1倍,單校組的整體性能較 Intel Xeon platinum8163約提升4.6倍。
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