資料介紹
隨著生物芯片技術在廣大科研工作人員研究工作中的應用, 在寫作論文的時候,如何比較科學、直觀地體現生物芯片實驗的結果,是一些初步嘗試利用芯片數據來寫作論文的科研工作人員希望了解的環節。 現就筆者在生物芯片技術領域積累的一些經驗,做一個初步的總結。但由于生物技術發展很快,有很多內容可能遺漏,還請讀者能及時指出不足之處。
挑選差異表達的基因:利用生物芯片進行研究的第一步,往往是要找到差異表達的基因。選擇差異表達的基因,筆者建議采用生物芯片為科研工具的研究人員使用 SAM 軟件
(Significant Analysis of Microarray) , 它是由Standford大學開發的一個免費軟件,目前廣泛地被學術界所采用,進行挑選差異基因。SAM 軟件可以作為插件在Office Excel 軟件中進行應用,很容易被生物醫學工作者掌握。SAM 軟件進行分析的一個基本前提就是需要至少 3 次實驗以上的重復。 這里的重復可以是生物材料的重復,例如某種疾病包含多個病人;也可以是實驗的重復,例如藥物處理細胞做了 4 次實驗。通過重復實驗,才能從統計學意義上判斷差異變化的基因。可以理解 SAM 軟件和統計學 t-test 檢驗有類似之處。筆者從合作單位被編輯退回
的稿件中了解到,有很多退稿是因為沒有進行重復實驗,例如對照和處理各一個樣本,然后認為熒光信號值差異在 2 倍以上的基因就是差異的基因。審稿編輯的意見往往是需要加上重復實驗進行統計分析。
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