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EMD 由于其在時間-頻率域內的多尺度信號分析，使其在各個領域中廣泛應用圖。但EMD 仍存在端點效應和模態混疊的缺陷。端點效應是由于原始信號端點處的極值點不確定性，從第一個IMF 分量出現了一定的誤差，最終從端點開始逐漸放大。導致信號上下包絡擬合過程產生了虛假的IMF 分量，使得EMD 分解結果嚴重失真;而模態混疊則是在求取包絡線的過程中，當信號中的干擾成分導致信號極值點的偏移存，使極值點分布不均勻。根據EMD 理論，理想情況下信號同一頻率會被分配到單一IMF 中，不同頻率則被分配到不同分量中，但由于模態混疊的存在，導致同一頻率成分被分解到多個IMF 分量中或多個分量成分被混合到一個IMF 分量中閘。
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