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生物體間關系可視化系統設計與實現_徐涼涼
在用戶登陸管理模塊， 用戶只要登陸系統就可以把你的數據保存在 Web Server 上以便隨時導入數據，系統可以保證數據的安全性，你存儲的數據不會被其他用戶所共享。在導入導出文件模塊，允許用戶輸入有關生物網絡的數據， 并在客戶端迅速得到在線布局結果。用戶也可以把得到的網絡布局結果從新導出成所需要的格式的數據， 也可以把網絡視圖存儲為 Jpg 或者 Bmp 格式。數據格式和訪問方式的標準化有利于文件的導入導出以及服務器上數據的存儲。可擴展標記語言 （extensible markup language，XML），是一種表示數據的工業標準，將數據與其表示相分離，XML 自推出以來， 尤其是在 1998 年 2 月成為 W3C 推薦標準以來受到了廣泛的支持， 并且顯示出了巨大的發展潛力。 BioXML 組織正在致力于將 XML 應用到生物信息學領域，以期統一數據表示和交換格式。中間件 （MiddleWare）技術對各種不兼容數據庫和數據的集成和一致性訪問提供了有效的解決方案。所以在我們設計系統的同時，我們期望開發出一種 XML 語言能夠描述生物體間的關系，通過此系統能把 XML 語言可視化地轉換成生物關系的網絡拓補圖。此種 XML 語言需要記錄網絡中各個節點（代表生物體），邊（代表節點間的關系），布局以及其他信息。
此生物間關系可視化系統采用了快速網格布局算法作為其系統內核， 提供了交互的直觀的圖形界面用來直觀顯示算法布局結果方便用戶交互式操作， 用戶能夠根據需要調整布局風格并對生物間關系作初步的分析。除此以外，該系統還實現了當今主流的生物數據庫接口。
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